Sesuai dengan Peraturan Menteri Kelautan dan Perikanan Nomor 6/PERMEN-KP/2014, tentang organisasi dan tata kerja Unit Pelaksana Teknis Perikanan Budidaya  terdiri dari :

1. Kepala Balai
Memiliki tugas melakukan koordinasi dan memberikan arahan seluruh kegiatan terkait budidaya laut baik yang bersifat teknis maupun non teknis serta membina bawahan di lingkungan BPBL sesuai tata kerja dan peraturan yang berlaku guna kelancaran pelaksanaan tugas.

2. Sub Bagian Tata Usaha
Memiliki tugas antara lain, Penyiapan bahan perencanaan, pelaksanaan, pemantauan dan evaluasi pelaporan keuangan, kegiatan teknis, anggaran, pengelolaan kepegawaian, tata laksana, barang milik negara, rumah tangga dan ketatausahaan.

3. Seksi Pengujian dan Dukungan Teknis

Memiliki tugas antara lain, melakukan Penyiapan bahan pelaksanaan layanan pengujian laboratorium persyaratan kelayakan teknis, kesehatan ikan dan lingkungan, Produksi induk unggul, Benih bermutu, Sarana produksi dan Bimbingan teknis perikanan budidaya laut.

4. Seksi Uji Terap Teknik dan Kerjasama
Memiliki tugas melakukan Penyiapan bahan pelaksanaan uji terap teknik, Standarisasi, Sertifikasi, Kerjasama teknis, Pengelolaan dan pelayanan sistem informasi, serta Publikasi perikanan budidaya laut.

5. Kelompok Jabatan Fungsional
Memiliki tugas melakukan kegiatan sesuai dengan jabatan fungsional masing-masing berdasarkan peraturan perundang-undangan yang berlaku.